Depuis son retour naturel en France au début des années 1990, le Loup gris (Canis lupus) fait l’objet d’un suivi scientifique en France. Une part importante de ce suivi repose sur la génétique non invasive, qui permet d’analyser des échantillons collectés sur le terrain (fèces, poils, urine) afin d’identifier les individus et d’estimer la taille de la population.
Ce dispositif de suivi génétique, coordonné par l’Office Français de la Biodiversité (OFB), repose sur un protocole standardisé de collecte et d’analyse des échantillons. Ce cadre méthodologique a récemment été décrit dans une publication consacrée au suivi génétique à long terme du loup en France (Pirog et al., 2025)1, qui constitue aujourd’hui une référence pour le monitoring génétique de l’espèce.
Le suivi national du loup repose sur la collecte d’échantillons non invasifs (fèces, poils, urine) réalisée sur l’ensemble de l’aire de présence de l’espèce par le réseau Loup-Lynx coordonné par l’Office Français de la Biodiversité. Durant l’hiver 2023-2024, ce dispositif a permis de collecter 1 964 échantillons, illustrant l’ampleur du suivi génétique à l’échelle nationale.
Les échantillons collectés ont été analysés génétiquement par le laboratoire ANTAGENE afin d’identifier les individus grâce à leur ADN. Le génotypage réalisé sur marqueurs microsatellites permet d’obtenir un profil génétique unique pour chaque Loup.
Au total, ces analyses ont permis d’identifier 576 individus différents. Les détections répétées d’un même individu (recaptures génétiques), dans différents lieux ou à différents moments, permettent ensuite de reconstituer son historique de détection et de constituer la base des analyses démographiques.
À partir de ces données génétiques, les chercheurs du Centre d'Écologie Fonctionnelle et Évolutive (CEFE) ont développé un modèle de capture-recapture spatiale (Spatial Capture-Recapture, SCR) qui intègre la localisation des échantillons collectés.
Contrairement aux approches classiques, ces modèles intègrent explicitement l’information spatiale. Ils permettent ainsi de tenir compte à la fois :
de la distribution des individus sur le territoire,
de l’effort de prospection réalisé sur le terrain,
et de la probabilité de détecter un individu.
Cette nouvelle approche innovante permet de tenir compte du fait qu’un individu a davantage de chances d’être détecté à proximité de son domaine vital que loin de celui-ci. En intégrant explicitement l’information spatiale, ces modèles permettent d’améliorer la précision des estimations de population et d’associer un intervalle d’incertitude plus restreint aux résultats.
À l’échelle de la France, la population de loups durant l’hiver 2023-2024 est ainsi estimée entre environ 920 et 1 125 individus (intervalle de confiance à 95%).
1 A Pirog, C Duchamp, C Kaerle, C Dufaurede Citres, S Rousselot, J Lavarec, G Queney, Standardization of a High-Quality Methodological Framework for a Long-Term Genetic Monitoring of the French Wolf Population Volume15, Issue 4, April 2025, e71345First published: 24 April 2025 https://doi.org/10.1002/ece3.71345
