La biodiversité
Étude du régime alimentaire des animaux par séquençage haut-débit (métabarcoding)
ANTAGENE propose l’analyse du régime alimentaire des animaux par l’analyse de l’ADN dans le but de comprendre leurs comportements alimentaires, leurs interactions avec l'écosystème et leur rôle dans la chaîne alimentaire
L'étude du régime alimentaire des animaux consiste à déterminer ce que mangent les animaux en identifiant l'ADN des espèces consommées, retrouvé dans leurs excréments ou leur contenu stomacal
Elle est particulièrement utile pour :
Ces connaissances sont cruciales pour la conservation, la gestion des ressources naturelles, et la préservation de la biodiversité
L'étude du régime alimentaire par analyse ADN utilise la technique de métabarcoding (séquençage haut-débit) qui permet de déterminer les différentes espèces consommées, en séquençant des régions spécifiques de l’ADN présent dans un échantillon
Cette technique non invasive est très précise. Elle peut identifier une large gamme d’espèces même celles qui sont complétement digérées en détectant des espèces à partir de faible quantité d’ADN
ANTAGENE propose de nombreuses cibles génétiques pour différencier aussi bien les espèces animales et végétales
Pour le régime alimentaire, trois types d’échantillons peuvent être utilisés. Ces échantillons contiennent des traces d'ADN provenant des aliments ingérés, ce qui permet de reconstituer le régime alimentaire de l'animal.
Voici les trois types d'échantillons utilisés par ANTAGENE :
Les fèces contiennent de l'ADN des proies ou des végétaux consommés, ainsi que l'ADN de l'animal hôte. Elles sont faciles à collecter et sont non-invasives pour un grand nombre d’espèce sauvages
Les pelotes de réjection sont des régurgitations contenant des restes non digérés de proies (les os, les poils, les plumes, arrêtes de poissons ou des exosquelettes d'insectes). Elles se limitent aux espèces produisant des pelotes : rapaces, cormorans, hérons, cigognes, huîtriers, mouettes et goélands, martins-pêcheurs, pies-grèches, corvidae
Les contenus stomacaux sont soit prélevés par dissection (pour les animaux morts) ou par des techniques non-invasives comme le lavage gastrique (surtout chez les poissons). Ils fournissent un instantané précis du dernier repas consommé, avec des échantillons relativement peu dégradés. L'obtention de ces échantillons est souvent invasive et parfois létale, ce qui limite son utilisation sur les espèces protégées ou rares
Dans les fèces, on retrouve aussi bien de l’ADN de l’hôte que de l’ADN des proies et/ou des végétaux qui constituent son régime alimentaire. Un échantillon est donc constitué d’un mélange d’ADN. Les différentes cibles proposés par ANTAGENE permettent d’amplifier et d’identifier un large spectre de taxons. Il est donc possible d’analyser la plupart des régimes alimentaires :
