Le Loup gris (Canis lupus lupus) est une espèce protégée en Europe et en France. Après avoir disparu du territoire national au milieu du XXᵉ siècle, il a recolonisé naturellement la France à partir des populations italo-alpines dans les années 1990.
Le suivi du Loup est un élément déterminant pour la connaissance et la gestion de cette espèce emblématique, au cœur des problématiques de conservation et de cohabitation.
En France, le réseau Loup-Lynx, coordonné par l’Office Français de la Biodiversité (OFB), qui collecte des données de terrain et des échantillons biologiques non invasifs (poils, fèces, urines, salive, tissus) dans le cadre du suivi national.
ANTAGENE a contribué à la standardisation des méthodes d’analyse du Loup en France (Pirog et al., 2025), pour :
Identifier l’espèce (distinction Loup, Chien, Chacal doré, Renard roux),
Déterminer la lignée génétique (italo-alpine, germano-polonaise, etc.),
Identifier individuellement et suivre la dynamique des populations (capture-marquage-recapture génétique),
Détecter les cas d’hybridation.
Ces méthodes d’analyse ont permis de renforcer la fiabilité et la cohérence des données utilisées pour le suivi de cette espèce.
La proximité génétique entre le Loup gris (Canis lupus lupus) et le Chien domestique (Canis lupus familiaris) rend leur distinction parfois complexe, notamment à partir d’échantillons non invasifs.
ANTAGENE met en œuvre des analyses génétiques de haute résolution permettant de détecter les individus hybrides récents et d’estimer leur part d’ascendance “loup” ou “chien”.
Ces analyses reposent sur des jeux de marqueurs validés scientifiquement et des approches probabilistes permettant de distinguer avec fiabilité :
les Loups de pure lignée,
les hybrides récents (F1),
et les individus issus de rétrocroisements avec des Loups sauvages
Bien que les cas d’hybridation restent rares et localisés, ils peuvent se produire dans les zones de contact entre loups et chiens errants ou de protection. La présence de chiens non stérilisés dans ces secteurs peut accroître le risque d’accouplements ponctuels.
Ces hybridations peuvent avoir un impact génétique important si les individus hybrides se reproduisent ensuite avec des Loups sauvages, entraînant une introgression de gènes domestiques dans la population naturelle.
Les analyses génétiques réalisées par ANTAGENE permettent de détecter ces cas d’hybridation et de contribuer à leur surveillance à l’échelle nationale dans le cadre du suivi OFB. Cette vigilance est indispensable pour préserver l’intégrité génétique du Loup.
Les résultats de ces analyses peuvent être utilisés pour:
Suivre à long terme les populations par identification individuelle
Estimer les effectifs et de la dynamique de colonisation,
Caractériser les lignées et la diversité génétique,
Détecter et surveiller les cas d’hybridation entre Loup et Chien,
Ces données sont indispensables pour évaluer l’état de conservation de l’espèce, orienter les actions de gestion et assurer la comparabilité des résultats entre années et territoires.
En complément du suivi génétique, ANTAGENE peut réaliser des analyses de métabarcoding pour identifier les proies consommées par le Loup à partir de fèces.
Cette approche permet la détection simultanée de multiples espèces proies (sauvages ou domestiques) et offre une vision complète du régime alimentaire du Loup et de sa fonction écologique dans les écosystèmes.
Ces analyses contribuent à la compréhension des interactions proie-prédateur, à l’évaluation des ressources disponibles et aux études de cohabitation avec les activités d’élevage, au sein des écosystèmes montagnards et forestiers.
ANTAGENE met la génétique au service de la conservation du Loup gris et du suivi scientifique des populations sauvages en France, en associant rigueur méthodologique et innovation technologique.