Dans les Alpes françaises, le Loup (Canis lupus) évolue dans un environnement où coexistent proies sauvages (cerf, chevreuil, sanglier, mouflon) et troupeaux domestiques. L’analyse de son régime alimentaire constitue un enjeu central pour mieux comprendre ses interactions avec ces différentes ressources et améliorer son suivi.
Cette analyse repose notamment sur des approches de métabarcoding, qui permettent d’identifier les espèces consommées à partir de l’ADN présent dans les fèces. Ces méthodes utilisent des amorces génétiques universelles capables de détecter un large spectre de proies, généralement avec une bonne résolution taxonomique.
Cependant, ces approches ne permettent pas de différencier certaines espèces très proches génétiquement, comme le mouton domestiques (Ovis aries) et le mouflon sauvage (Ovis musimon), ce qui limite l’interprétation des résultats dans les zones de coexistence entre élevage et faune sauvage.
Dans ce contexte, cette étude, menée en collaboration avec l’Office français de la biodiversité (OFB), propose une nouvelle approche génétique pour améliorer le suivi écologique du Loup.
Pour répondre à cette problématique, le laboratoire ANTAGENE, en collaboration avec l’Office français de la Biodiversité (OFB), a développé un marqueur génétique spécifique basé sur l’analyse de plusieurs races de moutons domestiques et de mouflons sauvages des Alpes.
Ce marqueur permet de discriminer de manière fiable le mouton et le mouflon à partir d’ADN dégradé issu d’échantillons non invasifs, avec un niveau de résolution supérieur aux approches classiques de metabarcoding utilisant des amorces universelles.
Appliquée à des fèces de Loups collectées sur le terrain, cette méthode permet d’obtenir une identification fiable à l’espèce dans la grande majorité des cas, constituant une avancée majeure pour l’analyse du régime alimentaire.
Elle améliore ainsi significativement la précision des analyses de régime alimentaire en permettant de distinguer la part de mouton et de mouflon consommée par le Loup, là où les approches précédentes restaient limitées à une identification au niveau du genre (Ovis).
En lien avec les enjeux de suivi portés par l’Office français de la biodiversité, cette approche apporte un outil opérationnel pour affiner la connaissance du régime alimentaire du Loup et améliorer l’évaluation de la prédation sur les troupeaux domestiques. Elle contribue ainsi à une gestion plus éclairée des populations de Loups dans les zones de cohabitation avec l’élevage.
Cette innovation illustre l’intérêt de la collaboration entre acteurs de la recherche et de la gestion pour développer des outils concrets au service du suivi du Loup et des grands carnivores.
