Les micromammifères, tels que les campagnols, mulots et crossopes, jouent un rôle essentiel dans le fonctionnement des écosystèmes terrestres et aquatiques. Ils participent à la régénération des sols, à la dispersion des graines et constituent une ressource alimentaire clé pour de nombreux prédateurs.
Ces petits mammifères discrets sont toutefois sensibles à la dégradation et la fragmentation des habitats, à la pollution des milieux aquatiques et à la pression des activités humaines.
Leur observation directe étant souvent difficile, les analyses génétiques non invasives permettent de mieux détecter leur présence et d’améliorer la connaissance de la biodiversité cryptique à l’échelle des paysages.
Certaines espèces semi-aquatiques, comme le campagnol amphibie (Arvicola sapidus), la crossope aquatique (Neomys fodiens) ou la crossope de Miller (Neomys milleri), sont protégées par la Directive Habitats-Faune-Flore et figurent parmi les indicateurs clés de la qualité des milieux humides.
Leur déclin est étroitement lié à la dégradation des zones humides, à la pollution et à l’artificialisation des berges. Leur détection par analyses génétiques non invasives offre un moyen fiable de suivre l’état écologique des cours d’eau, en complément des suivis de terrain.
Ces outils permettent de repérer des espèces patrimoniales difficiles à observer et d’évaluer l’efficacité des actions de restauration écologique menées sur les bassins versants.
ANTAGENE propose deux approches complémentaires selon la nature des échantillons et les objectifs du projet :
Séquençage Sanger
Méthode de référence pour l'identification précise d'espèces ou des lignées génétiques à partir d'échantillons individuels (poil, crotte, tissu, os)
Amplification et séquençage de fragments d'ADN mitochondrial
Attribution taxonomique fiable par comparaison avec des bases de données de référence
Discrimination des souches ou des lignées distinctes au sein d'un même taxon (Arvicola, Neomys, Microtus)
Ces distinctions sont précieuses pour les études biogéographiques, les inventaires de biodiversité cryptique et les suivis d'espèces protégées.
Cette méthode est particulièrement adaptée pour confirmer la présence d'une espèce protégée ou indicatrice, à partir d'un échantillon unique, et pour valider les inventaires de biodiversité cryptique dans les suivis de terrain.
Métabarcoding
Méthode adaptée aux échantillons collectifs provenant de plusieurs individus ou espèces (regroupement de crottes ou poils issus de pièges, pelotes de réjection)
Séquençage haut débit d'un mélange d'ADN
Détection simultanée de toutes les espèces présentes dans un même échantillon
Analyse de la composition spécifique d'un site ou d'un régime alimentaire (rapaces, carnivores etc.), notamment dans les études de communautés et de réréseaux trophiques
Cette méthode est particulièrement adaptée pour identifier simultanément plusieurs espèces présentes sur un même site, et pour caractériser les assemblages d'espèces terrestres et semi-aquatiques dans le cadre d'études de biodiversité cryptique ou de suivis écologiques à large échelle.
Les résultats de ces analyses peuvent être utilisés pour:
Identifier les espèces présentes à partir d'échantillons non invasifs ou environnementaux
Détecter la présence d'espèces semi-aquatiques protégées dans le cadre des suivis écologiques et des programmes de restauration de zone humides
Caractériser la composition spécifique d'un site ou d'une communauté de micromammifères
Appuyer les programmes de suivi de la faune discrète dans le cadre de plans de gestion ou d'études d'impact
Analyser le régime alimentaire de prédateurs (rapaces, carnivores)
Étudier la réponse des populations aux changements environnementaux ou à la fragmentations des habitats
Les analyses proposées par ANTAGENE permettent d'identifier la majorité des espèces de micromammifères d'Europe occidental, notamment des genres :
Arvicola, Microtus, Apodemus, Mus, Rattus, Eliomys, Glis, Muscardinus, Crocidura, Neomys, Sorex, Galemys, Talpa
ANTAGENE met la génétique au service de la biodiversité discrète et du suivi des micromammifères européens